Perpustakaan adalah unsur penunjang dalam pelaksanaan program pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Perpustakaan dipimpin oleh seorang Kepala Perpustakaan yang bertanggungjawab kepada Ketua STT HKBP melalui Pembantu Ketua I Bidang Akademik. Oleh karena itu Pembinaannya dilakukan oleh Pembantu Ketua I Bidang Akademik. Perpustakaan berfungsi sebagai sumber informasi, ilmu dan tempat penelitian. Sebagai unsur penunjang, perpustakaan STT-HKBP bertanggungjawab untuk:
- Mengumpulkan dan mengolah bahan-bahan pustaka dari berbagai cabang ilmu dan berbagai sumber.
- Memberikan pelayanan kepada mahasiswa dan dosen di lingkungan STT-HKBP Pematangsiantar.
- Menyebarluaskan bahan-bahan di lingkungan STT-HKBP.
- Membina, memelihara dan mengembangkan bahan pustaka.
- Mendokumentasikan semua dokumen-dokumen terbitan HKBP.
Mengenai dasar tujuan, hak dan kewajiban anggota ditetapkan dalam peraturan tersendiri.