Sekolah Tinggi Theologia HKBP berasal dari Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen. Berdasarkan keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0128/U/1975, tanggal 30 Juni 1975 status Fakultas Teologi ditetapkan dengan status Diakui.
Akibat ketidaksepahaman Rektor Universitas HKBP Nommensen dengan Pimpinan HKBP sebagai pemiliknya, STT HKBP berpisah dari Universitas HKBP Nommensen. Sekolah Tinggi Theologia (STT) HKBP yang merupakan pendidikan teologi lahir dalam struktur baru untuk mengganti struktur lama dari Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen, sesuai dengan keputusan Sinode Godang Istimewa HKBP tanggal 23-27 Januari 1978 di Seminarium Sipoholon Tarutung. Sekolah ini bernaung dan diasuh oleh HKBP.
Tanggal 12 April 1978 Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen resmi berpisah dari Universitas HKBP Nommensen dan berdiri sendiri langsung di bawah Pimpinan HKBP dengan nama Sekolah Tinggi Theologia (STT) HKBP. Tahun 1981-1986 dalam kepemimpinan Rektor Pdt. Dr. SM. Siahaan, Kopertis Wilayah I Nanggroe Aceh Darussalam-Sumatera Utara memberikan izin operasional kepada STT HKBP. Sejak periode ini program Pendidikan Agama Kristen (PAK) dari Departemen Agama R.I. dipercayakan untuk dikelola di STT HKBP.
Dengan Surat Keputusan Departemen Pendidikan/Kopertis Wilayah I, tanggal 15 Desember 1989, No. 0782/1989, STT HKBP mempunyai status Terdaftar. Tanggal 15 Maret 2005, Depag R.I. melalui Dirjend Bimas Kristen Protestan memberikan status Akreditasi Diakui kepada STT HKBP untuk Program Studi Strata 1 melalui Surat Keputusan No. DJ.III/Kep/HK.00.5/18/558/2005, tanggal 15 Maret 2005. Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama R.I. No. DJ.III/Kep/HK.00.5/320/2010, tanggal 27 Juli 2010 memberikan ijin penyelenggaraan program strata satu (S1) Program Studi Teologi Kependetaan kepada Sekolah Tinggi Theologia (STT) HKBP.